L’alcaldessa de Madrid, Manuela Carmena, va incorporar-lo al maig del 2016 al Comissionat de Memòria Històrica de la ciutat. El Comissionat té com a funció assessorar als organismes municipals i les administracions públiques competents perquè compleixin la Llei 52/2007, és a dir, la Llei de la memòria històrica. Urkijo, amb una llarga trajectòria en matèria de drets humans i construcció de pau, va arribar a l’organisme poques setmanes després de la seva creació.
